日本由四個主要的島組成，本州、北海道、九州及四國皆為四通八達且可靠的鐵路網所包覆。對外國遊客而言，火車是探索日本非常方便的方式，不過這也得歸功於日本鐵道通票的推出。

日本鐵路網絡，特別是在都會區內或都會區附近，大約百分之七十都是由日本鐵路(JR)所有並經營；剩下的百分之三十才分屬眾多私鐵公司。
更多詳細資訊可參考日本火車票、時刻表及如何搭乘火車。

日本鐵路(JR)

日本鐵道株式會社（JR集團）的前身為JNR（日本國鐵），JNR因為龐大赤字問題，於1987進行私有化。

JR集團由六家區域性旅客鐵道公司（JR北海道、JR東日本、JR中日本、JR西日本、JR四國及JR九州）及一家全國性的貨物鐵道公司（JR貨物）所組成。七家公司串連起全國的城市、區域及區間火車路線，寢台夜車及子彈列車（新幹線）。

私有鐵道公司

在日本有一百多家私有鐵道公司。規模較小者僅有一條營運路線，較大者所經營的鐵路網則相當廣。以下為幾家主要的私鐵公司:

關東地區

東武鐵道

東武鐵道經營許多往郊區及東京以北各縣的鐵路線（約460公里）。
吸引遊客的特色是：這條路線可以到日光、川越。

小田急電鐵

小田急經營三條從東京往西東京及神奈川縣的路線（約120公里）。
吸引遊客的特色：這條路線可以到箱根。

東急電鐵

東急的鐵路網在東京以南，有兩條主要幹線，加上數條較短路線（約100公里）。
吸引遊客的特色：這條路線可以到橫濱。

京成電鐵

京成經營從東京到千葉縣的路線，包含一條主要幹線及數條支線（約100公里）。
吸引遊客的特色：這條路線可以到成田機場。

西武鐵道

西武經營中東京以西的郊區鐵路網（約180公里）。
吸引遊客的特色：這條路線可以到秩父。

京急電鐵

京急連接東京與橫濱及神奈川縣南部（約90公里）。
吸引遊客的特色：這條路線可以到羽田機場。

京王電鐵

京王經營東京以西的鐵路網（約80公里）。
吸引遊客的特色：這條路線可以到高尾山。

中部地區

名古屋鐵道

名鐵經營的鐵路網很廣，繞著名古屋周圍（約500公里）。
吸引遊客的特色：這條路線可以去犬山及中部國際機場。

近畿地區

近畿日本鐵道

這是最大的私鐵公司。近鐵經營的鐵路網很廣，範圍在南近畿區，服務縣市包括大阪、京都、奈良、伊勢及名古屋（約570公里）。

南海電鐵

南海經營的鐵路網位於南大阪及和歌山縣（約170公里）。
吸引遊客的特色：這條路線可以去關西機場及高野山。

阪急電鐵

阪急在北大阪經營數條路線，可連結大阪與神戶及京都（約150公里）。

京阪電車

京阪經營一條主要幹線及數條短線，連接大阪與京都（約90公里）。

阪神電車

阪神經營一條往返大阪與神戶的主要幹線，及一些短程支線（約50公里）。

九州

西日本鐵道

西鐵經營福岡線的鐵路網，環繞福岡市（約120公里）。
吸引遊客的特色：這條路線可以到太宰府。

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