日本擁有許多非常有趣的博物館，不論是宗教、科學、歷史、地理、藝術品及各種收藏主題，你都能在日本全國各地找到相應的博物館：
- 東京博物館指南
- 京都博物館指南
- 大阪博物館指南
- 福岡博物館指南
- 橫濱博物館指南
- 富士五湖博物館指南
- 金澤博物館指南
- 加賀博物館指南
- 岡山博物館指南
- 鳥取博物館指南
- 松山博物館指南
- 伊香保博物館指南
- 甲府博物館指南
- 水戶博物館指南
以下為您介紹日本國內各類型最佳博物館名單：
傳統藝術
興福寺國寶館
奈良
許多日本寺廟都擁有不同程度收藏的寶物館。位於福興寺內的國寶館儘管在外觀及地理位置上非常低調隱密，但如果您遊覽一趟福興寺，將不難發現這裡的館藏品可能都是世界之最。館內有非常豐富的佛教藝術品，包括三頭六臂的阿修羅雕像，它是日本最具著名的佛教雕像之一。
奈良國立博物館
奈良
奈良國立博物館位於奈良公園內，收藏了大量且高水準的佛教雕像。常設展包括日本佛教藝術及宗教藝術品。每年秋天這裡會舉辦附近東大寺所收藏的寶物展。
足立美術館
松江周邊
足立美術館的庭園非常美麗，堪稱日本國內最優雅且廣闊的庭園。博物館內收藏了數量龐大且珍貴的日本繪畫及餐具文物，也有不少橫山大觀的繪畫作品。
久保田一竹美術館
富士五湖
久保田一竹美術館擁有相當珍貴的和服收藏，包含一系列久保田一竹創作的手染工藝和服。博物館外觀極具魅力，且由於地點鄰近富士山使得周圍的庭園更顯得詩情畫意。
東京國立新美術館
東京
位於六本木的東京國立新美術館(Kokuritsu Shin-Bijutsukan)是日本最大型的美術館之一。這裡沒有常設展，而是期間性展出各地優秀作品。美術館本身未來主義式的建築樣式也是另一個魅力所在。
美秀美術館
甲賀
美術館建築構造本身以結合自然環境設計聞名。利用鋼鐵、玻璃及暖暖石建材為主題，與周圍山谷自然景觀相互映襯極富魅力。美術館館藏大多為古文明如埃及、羅馬及亞洲各地文明的歷史文物。
大塚國際美術館
鳴門
大塚國際美術館是日本最大規模的美術館。複製了西方文明從古代至20世紀所有原尺寸的經典藝術品，數量龐大且精緻，包括米開朗基羅、艾爾‧葛雷柯、哥雅、莫內和畢卡索的作品。
當代藝術
森美術館
東京
位於六本木新城森大廈頂樓的森美術館不間斷地安排各地的現當代前衛藝術作品在此輪流展出。可以從美術館下方的展望台俯瞰都市全景也成為該美術館的特色之一。
21世紀美術館
金澤
金澤21世紀美術館有著獨特的建築、極具現代感的室內空間及豐富的前衛藝術作品。美術館展示來自日本和世界各地獲得高評價且極富魅力的現當代藝術。這裡也經常舉辦各種新興創作的現當代展覽。
豐島美術館
豐島
豐島美術館本身就是日本最富魅力的現當代藝術品之一。美術館矗立於獨特的梯田景觀，水滴造型且簡潔的混凝土構造成為遊客們爭相目睹的獨特建物。由於美術館位於較偏遠的島上，更使此處增添了自然的鄉村風采。
地中美術館
直島
地中美術館是著名建築家安藤忠雄所設計的建築，美術館坐落於俯瞰直島南方海岸線的山丘上，整個建築幾乎都在地底下。建築物本身就是一件藝術品，它利用自然光線映照於藝術展示品上並營造出與周遭自然環境對話的視覺體驗。
犬島精鍊所美術館
犬島
犬島精鍊所美術館成功地將打造出廢棄煉銅所內的藝廊空間。美術館內有不少引人入勝的藝術作品，包括神秘的鏡面隧道也是其中之一。
歷史
東京國立博物館
東京
上野公園內的東京國立博物館擁有本世紀最珍貴且最大規模的日本國內文物收藏。博物館會於固定時期舉辦各種新奇有趣的特別展覽。
江戶東京博物館
東京
江戶東京博物館內對於東京(舊稱江戶)有著詳細且生動的介紹，參觀者可以藉此了解首都東京從過去至今日的各種歷史面貌。另外也可利用館內的互動體驗更深層的理解早期東京的各種面向，如庶民日常生活、江戶時代建築、文化遺產、政治轉折及經濟條件等。
遷宮館
伊勢
參訪者來到遷宮館可以了解更多關於伊勢神宮式年遷宮的過程。博物館位於外宮(Geku)入口附近，此處可近距離看見難以言喻的神宮主殿。遷宮館內出色的展示品包括四分之一等比例大小的神宮正殿複製品以及1：20的精美正宮模型。
UPOPOY民族共生象徵空間
登別附近
以學習愛努文化為旨的UPOPOY民族共生象徵空間，於2020年7月開幕，是第一個國家級介紹愛努歷史及文化的博物館。博物館公園旁有湖泊，並有一些重建的愛努房屋及設施可供旅客體驗愛努文化。
戰爭
廣島和平紀念館
廣島
廣島和平紀念館展示1945年廣島遭擲核子彈後的悲慘經歷。各種經驗訪談揭露了許多殘忍可怕的歷史，更加提醒了我們目前和平狀況的可貴。廣島和平紀念館位於和平紀念公園內，致力於倡導世界和平。
長崎原爆資料館
長崎
擔負著警醒責任的長崎原爆資料館忠實地呈現出第二次丟擲核子彈後長崎的悽慘景象。館內展示關於核子彈的各種相關紀錄以及戰爭的殘酷，並強調核子武器的可怕及世界和平的重要性。資料館旁就是長崎和平公園及著名的和平雕像。
沖繩和平祈念資料館
沖繩本島
沖繩和平祈念資料館是為了紀念沖繩戰同時緬懷於戰爭中死亡的犧牲者。以倡導世界和平為宗旨。資料館位於沖繩和平公園，公園內有許多石碑是為了紀念因沖繩戰而受難的日本人及外國人犧牲者。
知覽特攻隊紀念館
薩摩半島
知覽特攻隊紀念館保存二次世界大戰中特殊部隊(神風特攻隊)成員的相關紀錄及書信。紀念館本身並非以稱頌讚揚的視角，而是真實地呈現出戰爭的殘酷與悲痛。
科學
福井縣立恐龍博物館
福井
福井縣立恐龍博物館是世界最棒的恐龍博物館之一。這個優秀的博物館致力於各種恐龍相關的研究與教育，館內展示將近40具恐龍化石並附有詳細的英文介紹。參觀者可以藉此了解生命如何從地球誕生以及恐龍如何演化為鳥類。參觀者還可在館內手動區親手觸摸到真正的恐龍化石。
國立科學博物館
東京
位於上野公園的大型國立科學博物館館藏涵蓋了科學和自然史物理實驗以及機器人展示區。館內另有令人印象深刻的動物標本館藏以及從建築博覽會遷至此處的360度視覺劇場。
國立尖端科學博物館
東京
又稱為日本科學未來館，這裡是御台場相當有趣且擁有健全雙語系統的科學博物館，館內展覽包括環境科學、機器人(包括著名的Asimo及其他)，資訊處理技術、生化及空間探索等。
鐵道
鐵道博物館
埼玉
鐵道博物館展示著令人印象深刻的老舊火車，包括蒸氣、柴油動力火車到已退役的新幹線(子彈列車)等客貨運輸車輛。博物館內有日本鐵道運輸史的詳細介紹，並以新奇有趣的模擬裝置說明火車操作的原理及鐵路技術的發展進程。
RINIA鐵道館及鐵道公園
名古屋
RINIA鐵道館及鐵道公園詳細地介紹日本高速鐵路的發展過程。館內展示許多實際運行的車輛，包括老舊的蒸氣動力火車，曾創下世界紀錄的新幹線及最新型的磁浮列車(maglev)。博物館也設有模擬裝置讓參觀者可以親自體驗火車駕駛或擔任開關門任務的車長職務。
京都鐵道博物館
京都
位在京都車站附近，步行可到。這裡展示從蒸汽火車到新幹線等日本歷來的火車，尤以許多大型蒸汽火車館藏而知名。
災難
神戶地震紀念館
神戶
神戶地震紀念館是為了紀念1995年阪神‧淡路大地震的慘痛歷史而設立。館內以各種不同的互動遊戲、紀錄片以及能呈現出真實地震災害影像的大型螢幕戲院來教導參觀者關於地震及各種災難的預防知識。
雲仙岳災難紀念館
島原半島
這座紀念館主要是為了紀念1990年代雲仙岳火山爆發及後續發生的相關災害而設立。紀念館致力於利用各種展示及影片向參觀者說明海底火山的運作以及火山對於附近居民的重大影響。最引人注目的展覽是讓參觀者藉由能體驗火山碎屑流動態與熱度的震撼影片來模擬火山爆發的情景。
市立水俣病資料館
水俣
市立水俣病資料館以展示板、照片及簡單易懂的影片詳細介紹關於水俣病的發生史。資料館內也說明水俣病的現狀以及水銀重金屬造成環境汙染所帶來的永久性傷害，提醒人們切勿讓相同的歷史災害再度重演。
特殊主題
吉卜力美術館
東京
對於熱愛宮崎駿吉卜力工作室出品的電影影迷們來說，日本最有名的動畫工作室─吉卜力美術館絕對是一個必訪聖地。館內展覽當然不乏動畫相關的歷史與技術，另外還設有電影院專門撥放吉卜力工作室為了該美術館製作的獨家短片。美術館內也能看到許多動畫工作室所創作出來的動畫角色，包括等身大的雕像或相關的絨毛玩具。
大宮盆栽美術館
埼玉
對盆栽有興趣的朋友建議可以來一趟大宮盆栽美術館，在這座美麗的美術館內可以看到各式各樣不同種類的盆栽。針對如何欣賞盆栽藝術表現的英文導覽及介紹也都非常清楚。美術館位於大宮盆栽村，這裡也是各種盆栽管理的發祥地。
砂之美術館
鳥取
砂之美術館展示世界各地藝術大師所創作的大型砂雕作品。隨著不同的展覽主題，美術館會配合各展覽展出高達數公尺的砂雕作品。美術館位於鳥取砂丘，可以在這裡親自體驗看看日本新奇的模擬沙漠體驗。
札幌啤酒博物館
札幌
愛喝啤酒的朋友可以來一趟札幌啤酒博物館，這裡的最大的魅力當然是它所提供的札幌啤酒以及博物館旁美味的啤酒餐廳。博物館內有日本啤酒史的相關介紹以及啤酒製造過程，但英文介紹較少。
Toto馬桶博物館
北九州
Toto是日本衛浴設備及免治馬桶的領導品牌。這間博物館位於Toto公司北九州總部旁，館內有公司沿革以及產品發展史等介紹。
