道後溫泉本館是道後溫泉的標誌和主要景點。本館建於1894年明治時期，此木造建築是一個樓梯、通道和房間的迷宮。據說宮崎駿的動畫「神隱少女」中的靈感是來自道後溫泉本館。本館內有分為男湯及女湯，皆是由石頭做成的老式浴池。一樓的大浴池被稱為「神之湯」，在二樓較小的稱為「靈之湯」。二樓有大型公共榻榻米房間，三樓是供私人休息和享用小點心的客房。

本館其中一部份稱為「又新殿」，是特別為了皇室在1899年到訪時所打造。遊客購買門票就可以參觀又新殿。雖然自1952年以來並沒有皇室來使用又新殿，但房間內依舊保有華麗的裝飾和配有格子天花板，皇室專用的浴室和洗手間。

在二樓的角落有展示關於道後溫泉歷史文件的小型展覽，例如以前的入場券是以小木塊做成的。您可能還注意到一個鷺的雕像和畫，緣由是相傳有一隻受傷的白蒼鷺使用道後的水而痊癒。